与割草机和汽车一样，水上摩托也使用二冲程或四冲程发动机。二冲程发动机有两个或三个汽缸，而四冲程发动机则通常有四个汽缸。有关这方面的机械原理，请参见汽车发动机工作原理（介绍四冲程发动机）这篇文章。 
船用发动机与汽车发动机最明显的区别在于冷却系统。船用发动机没有散热器，而是用周围的水来控制温度。水流直接流过发动机，或者流过一个含有化学冷却剂的封闭系统。 
船用发动机与汽车发动机的启动方式相同。点火按钮一般位于把手上，它将点火信号传送给起动电机。起动电机带动发动机转动，起动发动机。然后，发动机开始为船提供动力。 
   
Yamaha Motor Corporation, U.S.A.供图
关机系索
所有新型号的水上摩托都有一把插销或钥匙，可插入点火装置附近的一个插孔。插销的另一端通过系索与驾驶员的救生衣相连或戴在驾驶员的手腕上。如果插销没有插入，水上摩托就不会启动。如果驾驶员不慎落水，系索会将插销带出，水上摩托滑行一段距离后就会停下。这样，水上摩托就不会驶出很远，同时也降低了碰撞的可能性。 
    水上摩托的噪音水上摩托发出的声音很特别，音调很高，在某些人看来，这种声音会干扰周围的居民、野生动物和其他船上人员。最近，由于技术进步，水上摩托的噪音大大降低。其中包括：  在艇壳和发动机之间安装吸音泡沫材料。  安装噪音发生器（例如管道），用它产生的声波来抵消发动机的噪音。  安装辅助消声器，它通过七扭八拐的曲线而不是直线将空气送入发动机，从而让声音发散。